białka

 0    86 fiszek    sylwixs
ściągnij mp3 drukuj graj sprawdź się
 
Pytanie język polski Odpowiedź język polski
aminokwasy stabilizujące
rozpocznij naukę
alanina, wanila, leucyna, fenyloalanina, tryptofan, metionina histydyna, glutamina
aminokwasy destabilizujące
rozpocznij naukę
glicyna, kwas glutaminowy, kwas asparaginowy, lizyna, arginina, tyrozyna, asparagina, seryna, treonina, izoleucyna
funkcje bialek
rozpocznij naukę
mechaniczno-strukturalna (składnik błon kom., składnik szkieletu kom.) kataliza enzymatyczna, transport kom. (przekazywanie sygnału - kinazy, hormony) koordynacja funkcji biologicznych (czynniki transkryp) transport zewnątrzkom. i magazynowanie, ochrona
białka błonowe rodzaje
rozpocznij naukę
białka błonowe erytrocytów, białka błonowe komórek siatkówki, białka RE komórek siatkówki
Denaturacja białka
rozpocznij naukę
wywołana przez zmiany środowiska zmiana konformacji białka prowadząca do jego dezaktywacji (utraty funkcji biologicznej)
Renaturacja białka
rozpocznij naukę
po ustąpieniu przyczyny denaturacji może nastąpić ponowne fałdowanie prowadzące do odtworzenia się struktury natywnej
Jak powstaje struktura trzeciorzędowa a jak czwartorzędowa
rozpocznij naukę
W procesie zwanym fałdowaniem białek. Potem następuje ewentualna asocjacja podjednostek prowadząca do powstania struktury czwartorzedowej
opisz proces fałdowania białek
rozpocznij naukę
Jest to proces w którym dochodzi do ustalenia się trzeciorzędowej struktury białek, jest to konformacja natywna czyli przyjmowanie i utrzymanie przez białka tej struktury umożliwia uzyskanie i zachowanie aktywności biologicznej
Opisz zmiany konformacji białek
rozpocznij naukę
mogą być wynikiem naturalnych procesów, z uwagi na: realizowana funkcje białka (wynikająca ze związania substratu lub kofaktora), regulowanym przechodzeniem od formy nieaktywnej do aktywnej i odwrotnie.
Czynniki denaturujace
rozpocznij naukę
ciepło i zmiany wartości pH, detergenty SDS i rozpuszczalniki organiczne (aceton, etanol), czynniki chaotropowe (mocznik, chlorowodorek guanidyny), czynniki redukujące (betamerkaptoetanol, 2merkaptoetanol)
Co to są chaperony (białka opiekuńcze)
rozpocznij naukę
białka odpowiadające za renaturacje w przypadku gdy czynnik denaturujacy białek w komórce nie jest zbyt mocny. Biorą również udział w fałdowaniu białek
kim jest i co wykazał Christian Andinsen
rozpocznij naukę
Pionier białkowy, udowodnił że białka są ułożone w kolejności w jakieś są kodowane. Wykazal że pracując na zdenaturowanej rybonukleazie możliwe jest ponowne ufaldowanie białka i odzyskanie jego aktywność enzymatycznej przy odpowiednich warunkach
cała informacja potrzebna do przyjęcia ostatecznej konformacji jest zakodowana w jego strukturze pierwszorzędowej
Co to jest struktura natywna enzymu?
rozpocznij naukę
Struktura natywna enzymu to jego naturalna, biologicznie aktywna forma, w której białko (lub kompleks białkowy) jest poprawnie sfałdowane i funkcjonuje zgodnie ze swoją biologiczną rolą.
Struktura ta jest trójwymiarowa i wynika z różnych poziomów organizacji białka: struktura pierwszorzędowa, drugorzędowa, trzeciorzędowa, czwartorzędowa
Na czym bylo prowadzone badanie Anfinsena?
rozpocznij naukę
badanie było prowadzone na rybonukleazie A której aktywność łatwo sprawdzić ponieważ jest to białko które zawiera 124 reszty aminokwasowe, 8 reszt cysteiny i 4 mostki disiarczkowe
przy 8 cysternach mamy 105 kombinacji możliwości wytworzenia różnych mostków disiarczkowych między tymi 8 cysteinami, ale tylko 4 z nich są prawdziwe
Jak wyglądał przebieg badania pioniera Białkowego?
rozpocznij naukę
wyprod. rybonukleaze A po izolacji stwierdził że jest ona akt. - dodał do niej betamerkapt. (związek redukujący, spowod. rozerwanie mostków disiarczk.) i 8 molowy mocznik (związek chaetropowy spowodował utratę wiązania wodorow. w str. 2 i 3).
Po usunięciu betamerk. uzyskał konformację kłębka statystycznego, losowo tworzyły się mostki disiarcz. między cysteinami. Zostawił więc resztki betamerkapt., dochodziło do rozerwania błędnych mostków i tworzenia innych. W końcu uzyskał natywna str. RNA-zy
Doszło do utraty str. natywnej enzymu, zmieniła się konformacja białka, w wyniku czego nie wytworzyło się odpowiednio centrum aktywne tego enzymu a więc doszło do utraty akt. białka. Zaczął usuwać w proc. dializy czynniki denat.
Za co odpowiadają modyfikacje białek?
rozpocznij naukę
za zmianę str. i uzyskanie dojrzałej formy białka, regulacje czasu trwania danego białka i kontrolę funkcji białek, umożliwiają oddziaływanie z innymi białkami lub kw. nukleinowymi, doprowadzenie białka do odpowiednich przedziałów kom.
czas trwania białka - to oznacza ile czasu białko występuje w komórce Zanim zostanie zdegradowane
Rodzaje modyfikacji białek
rozpocznij naukę
fosforylacja, glikozylacja, metylacja, hydroksylacja, ubikwitynacja
Rodzaje glikozylacji
rozpocznij naukę
N-glikozylacja (tylko u eukariota) O-glikozylacja (eukariota i prokariota)
Kiedy ma miejsce odcięcie formylometioniny?
rozpocznij naukę
odcięcie f-Met to proces który ma miejsce podczas inicjacji translacji białek u bakterii i w mitochondriach. I jeśli po tym odcięciu jako pierwsze wystąpi tryptofan, tyrozyna, Phe, lizyna, arginina i leucyna to okres półtrwania takiego białka to 2min
Co to są histony?
rozpocznij naukę
To białka bogate w lizynę czyli aminokwasy dodatnio naładowane dzięki czemu łączą się one z ujemnie naładowanym DNA
acetylacja i deacetylacja
rozpocznij naukę
histony a dokładnie lizyny ulegają procesowi acetylacji, zmienia się ich ładunek stają się bardziej ujemne - z heterochromatyny tworzy się euchromatyna, struktura luźniejsza co pozwala na proces translacji.
Deacetylacja jest procesem odwrotnym w wyniku czego dochodzi do zmiany ladunku na bardziej dodatni, dochodzi do silniejszego wiązania i powstaje heterochromatyna
metylacja i demetylacja histonów
rozpocznij naukę
metylacja dotyczy głównie lizyny w histonach H3 i H4 oraz argininy, zwiększa zbicie białek. Dochodzi do przeniesienia grup metylowej od 1 - 3 przez metylotransferazy zwiększa się ładunek dodatki, zasadowych charakter białka oraz zacieśnia się struktura
chromatyny a więc powstaje heterochromatyna. Procesem odwrotnym jest demetylacja histonów która usuwa grupy metylowe z reszt aminokwasowych w białkach histonowych
Jakie są sposoby zmiany struktury białka?
rozpocznij naukę
Jednym z głównych sposobów zmian w strukturze białek jest proces fosforylacja. Podlegają nim głównie reszty seryny, tyrozyny, treoniny w stosunku 1000:100:1 katalizują go kinazy - odpowiada ona głównie za zmianę struktury białka a więc za:
regulacje biologicznej aktywności w odpowiedzi na różne czynniki zewnętrzne, kondensację chromosomów i ekspresję genów, montaż oraz wydłużanie wrzeciona podziałowego. Procesem odwrotnym jest defosforylacja przeprowadzana przez fosfatazy
Zmiana bialka połączona z rozerwaniem wiązania peptydowego - 2 sposoby
rozpocznij naukę
1. Jeszcze podczas syntezy N-koncowego końca aminokwasu 2. po syntezie białka, wewnątrz łańcucha np odcinanie sekwencji sygnałowej lub odcinanie peptydów łączących np wszystkie białka sekcyjne
Odcinanie sekwencji sygnałowej jest charakterystyczne dla:
rozpocznij naukę
białek sekrecyjnych które w naturalnym środowisku podlegają sekrecji, wszystkich białek występujących w chloroplastach czy mitochondriach
sekwencja sygnałowa nie jest odcinana w przypadku białek znajdujących się w jądrze komórkowym
Co to są białka sekrecyjne?
rozpocznij naukę
Białka sekrecyjne to np insulina, która po translacji wchodzi do retikulum Endoplazmatycznego i jest modyfikowana. Białka sekrecyjne są syntetyzowane w komórkach a następnie transportowane poza komórkę.
Jakie są formy insuliny i która jest uznana za dojrzała insulinę
rozpocznij naukę
1. preproinsulina 110aa 2. preinsulina 86aa 3. insulina 51aa - dojrzała forma insuliny
Opisz powstanie preproinsuliny 110aa
rozpocznij naukę
Jest to forma obecna po translacji o długości 110 reszt aminokwasowych, zawiera segmenty A B i C oraz sekwencje sygnałowa która kieruje preproinsuline do siateczki śródplazmatycznej, po przejściu przez błonę sekwencja sygnałowa jest usuwana
Opisz powstanie proinsuliny 86aa
rozpocznij naukę
Powstaje po odcięciu sekwencji sygnałowej w retikulum Endoplazmatycznym w skutek czego zachodzi proces fałdowania białka przy udziale białek pomocniczych i disulfidoizomeraz - odpowiadają za powstanie właściwych wiązań disiarczkowych między cysteinami.
Gdy zostaną utworzone właściwe mostki disiarczkowe i białko przejdzie kontrolę, czyli gdy wiadomo że nie ma żadnych regionów hydrofobowych białka na zewnątrz - odcinany jest peptyd C. Ma długość 86 reszt aminokwasowych i segmenty A B i C
Opisz powstanie insuliny 51aa
rozpocznij naukę
Forma po odcięciu segmentu C, w siateczce śródplazmatycznej zawiera segmenty A i B i jest to dojrzała forma insuliny powstała w skutek usunięcia segmentu C na skutek utworzenia prawidłowych mostków disiarczkowych
Peptyd C funkcjonuje tylko po to by zostały prawidłowo utworzone mostki disiarczkowe
Opisz modyfikacje czynnika transkrypcyjnego NF-kB
rozpocznij naukę
Białko pełniące kluczową rolę w regulacji odp. immunolog. Na akt. transkr. ma m. in wpływ czynnika transkryp. NF-kB - występuje w postaci Dimera - włączany i wyłączany zależnie od potrzeb. Jeśli Czynnik transkr. jest nie potrzeb. zatrzym. jest w cytopl
przez oddział. z inhibitorem kappa-B. Blokuje on wejście NF-kB do jądra kom. i akt. genów. Gdy jest potrzebny dochodzi do odbioru sygnałów kaskady kinazowej i ubikwitynacji leucyny inhibitora - degradacja inhibitora, NF-kB aktywny
O-glikozylacja co to jest i na czym polega u prokariota
rozpocznij naukę
jest to dołączenie cukru do at. tlenu, wpływa na stabilność białka, jego akt. biolog. jak i lokalizację, zachodzi po syntezie białka. Występuje zarówno u prokariota jak i eukariota. U prokar. mamy 2 możliwości. 1. dołączane są pojedyncze cukrowce w cytopl
2. na błonie budowy jest cukrowiec, podczas przechodzenia białka przez kanały błony dochodzi do przeniesienia cukrowa z peryplazmy na ufaldowane białko za pomocą flipazy
O-glikozylacja co to jest i na czym polega u eukariota
rozpocznij naukę
jest to dołączanie cukru do atomu tlenu, wpływa na właściwości białka takie jak stabilność, aktywność biologiczną i lokalizacja, zachodzi po syntezie białka. U eukariota powstaje bardziej złożona struktura, dołączane są tutaj pojedynczo cukrowce
U eukariota mamy O-glikany typu mucynowego, może ona zachodzić: w cytoplazmie (białka mające funkcj. w jądrze kom) oraz w cysternach aparatu golgiego - głównie. Mucyna - białko z dużą ilością przyłączonych reszt cukrowych - ochrona nabłonka
N-glikozylacja co to jest, u kogo zachodzi i na czym polega
rozpocznij naukę
jest to dołączane cukru do atomu azotu asparaginy, dołączany jest tutaj prekursor cukrowy. Zachodzi tylko i wyłącznie i org. eukariotycznych, ma bardziej skomplikowana strukturę. Zaczyna się RE, po ufałdowaniu o przejściu kontroli jakości białko trafia do
Aparatu Golgiego i prekursor N-glikanowy ulega modyfikacja, przez co mamy różnego rodzaju typy N-glikanow - oligomannozowy, hybrydowy, złożony. Rola: wpływa na stabilność białek, fałdowanie i transport wewnętrzny
opisz syntezę prekursora cukrowego
rozpocznij naukę
pierwsze etapy tworzenia prekursora cukrowego zachodzą po zewnętrz. stronie błony RE, występ. tu dichiol przechodzący wielokrotnie przez błonę RE. Wpierw dołączone są do niego 2 reszty fosforanowe, tworzy się wysokoenergetyczne wiązanie -> dołączane są 2
N-acetyloglukozoaminy, jedna po drugiej -> dołączane jest 5 mannoz, taki gotowy prekursor za pomocą flipazy przenoszony jest do wnętrza RE gdzie dołączane są kolejne mannozy (9) -> po kolei 3 glukozy powstaje nam gotowy prekursor dołącz. się do sekwencji
Czym zajmuje się inżynieria białek?
rozpocznij naukę
Zajmuje się ona głównie produkcją białek w różnych układach z różnych organizmów, aby produkować białko tak aby było przydatne i funkcjonalne, konieczne jest znanie jego struktury natywnej, czy jest modyfikowane i gdzie funkcjonuje
Wyjaśnij nadekspresje bialek
rozpocznij naukę
jest to produkcja białek, może być trwała bądź przejściowa. Trwała charakteryzuje się tym że konstrukt z którego ma zachodzić ekspresja jest wbudowany do genomu organizmu skąd jest przekazywany poprzez podziały
przejściowa charakteryzuje się tym że konstrukt nie jest wbudowany do genomu biorcy, funkcjonuje jako samodzielny wektor plazmidowy, po wprowadzeniu wektora do komórki nadekspresji zachodzi tylko w danym momencie, nie jest przekazywany dalszym pokoleni
Opisz układ do nadekspresji białek
rozpocznij naukę
układy do nadekspresji białek to: komórka bądź organizm który będzie produkował białko po wprowadzeniu konstruktu, wektor plazmidowy który zastosujemy do przygotowania konstrukcjj. Istnieją również ekstrakty bez komórkowe - mowa wtedy o układach pozakom.
układy te mogą być: heterologiczne (białka są obce w stosunku do organizmu gdzie produkcja zachodzi) homogeniczne (białka nie są obce w stosunku do organizmu gdzie produkcja zachodzi)
Do czego wykorzystujemy nadekspresje przejściowa?
rozpocznij naukę
do badań oddziaływań między białkami, analizy lokalizacji białek - układ homologiczny, analizy sekwencji odpowiedzialnych za kierowanie białek do danych przedziałów komórkowych
Czym się charakteryzuje sekwencja kierująca białko do jądra, RE, mitochondriów i plastydów
rozpocznij naukę
Sekwencja kierująca białko do jądra charakteryzuje się aminokwasami zasadowymi, może znajdować się w różnych miejscach w sekwencji nukleotydowej. Natomiast sekwencja kierująca białko do RE, mitochondriów i plastydów ma różne aminokwasy na amonowym końcu
Z czego powinien składać się konstrukt genowy?
rozpocznij naukę
powinien cechować się następującymi elementami: Ori - miejsce początku replikacji pozwalające na niezależna replikację plazmidu, gen reporterowy - gen wizualizujący, gen markerowy - gen którego produkt pozwala na odzielenie komórek transformowanych
od tych które nie uległy transfekcji, MSC - miejsce wielokrotnego klonowania, zwane też polilinkerem gdzie znajduje się sekwencja rozpoznawana przez enzymy restrykcyjne
Opisz ORI
rozpocznij naukę
ORI - miejsce początku replikacji, pozwalające na niezależna replikację, wektory mogą posiadać Ori które dają częstsza lub rzadka replikacje pomiędzy komórkami. W przypadku zwykłego klonowania stosujemy niezależna replikację, natomiast w przypadku
wektorów stosowanych do nadekspresji białek wykorzystujemy Ori które rzadko wzbudza replikację ponieważ nie chcemy dużej ilości DNA - chcemy dużo białka, a w późniejszym etapie byłby problem z ekstrakcja - DNA zwiększa lepkość - stosujemy benzonaze
opisz MSC
rozpocznij naukę
MSC - miejsce wielokrotnego klonowania inaczej polilinker, jest to fragm DNA gdzie znajduje się wiele sekwencji rozpoznawanych przez enzymy restrykcyjne jednakże sekwencje te nie mogą znajdować się nigdzie indziej niż na przestrzeni DNA wektora plazmidow.
ciekawym przykladem jest tu polilinker który znajduje się w obrębie sekwencji aminowego końca enzymu beta galaktozydazy przez co po wprowadzeniu Insertu element ten nie powinien powstać jeśli doszło by do procesu transformacji wektorem zrekombinowanym
Opisz Gen Markerowy
rozpocznij naukę
Jest to gen który pozwala na odróżnienie kom transformowanych od nie transform. może być różnicujący (gen powoduje zmianę w wyglądzie kom. transform.) bądź selekcyjny (gen chroni kom przed czynnikami które normalnie zabiłyby ja lub zablokowały jej wzrost
przykładem jest gen warunkujący oporność na antybiotyk - ampicylinę poprzez kodowanie beta-laktamazy przez co jeśli zastosujemy pożywkę z ampicylina po transformacji wyrosną tylko te bakterie które pobrały plazmid gdyż rozłożą one antybiotyk
Opisz Gen reporterowy
rozpocznij naukę
są to Geny wizualizujący, których produktem są różne białka, powinny mieć następujące cechy: dostarcza prod. dającego łatwo dostrzegalne zmiany fenotypowe czyli powoduje syntezę jakiegoś prod, produkt genu wykazuje łatwość i czułość detekcji, gen nie wyst
naturalnie w organizmie kontrolnym, pojawia się po przeprowadzeniu transformacji/transfekcji, nie powoduje zakłóceń metabolicznych i fizjologicznych kom w org biorcy, nie powoduje śmierci badanego org. no GFP (najlepsze), lucyferaza, Bgalaktozydaza
Opisz beta-galaktozydaze
rozpocznij naukę
jest to enzym rozkładający wiązania glikozydowe w beta galaktozydazach, kodowany przez lac-Z, gen lac-Z jest składowa operonu laktozowego (koduje on beta galaktozydaze, hydrolizuje laktozę do glukozy i galaktozy) występuje on naturalnie w E. coli mimo to
wykorzystujemy go jako gen reporterowy
Opisz przykład klonowania komórek
rozpocznij naukę
wykonamy tutaj teoretyczne klonowanie, w którym przeprowadzimy transformację z wykorzystaniem wektora mającego cechy (MSC w obrębie aminowego końca, gen beta galaktozydaze jako gen reporterowy, gen oporności na antybiotyk jako gen markerowy)
klonowanie odbędzie się w dwóch etapach 1. przeniesienie komórek na pożywkę z ampicylina 2 przeniesienie komórek na pożywkę z cukrem X-gal
Opisz białko GFP i chromofor
rozpocznij naukę
GFP pochodzi od meduzy, stosow. jest jako gen reporterowy, ma masę 27kDa i jest zbud. z 238 aminokw. Jego struktura natywna tworzy cylinder zbud. z 11 kartek beta ukierunkowanych antyrownolegle, wewnątrz cylindra znajduje się alfa helisa tworzac chromofor
powstaje on w skutek cyklizacji i utleniania sekwencji złożonej z seryny/treoniny w pozycji 65, tyrozyny 66 i glicyny 67, zdolność do fluorescencji jest wynikiem obecności chloroformu, barwik ten pochłania światło 395nm oraz emituje o dl 509nm o barw ziel
Opisz modyfikacje białek GFP
rozpocznij naukę
Meduza która prod. białko, żyje w zimnym morzu, dlatego 1 modyfikacje dotyczyły tego aby białko bylo w stanie się ufaldowac w podwyższonej temp., kolejne modyf. dotyczyły uzyskania innych kolorów emitowanego światła (możemy badań odział. białek z białkami
Możliwe jest badanie czynników transkryp. celem sprawdzenia czy białka będą ze sobą oddziaływać w war. stresowych. tworzymy 2 konstrukcje: żółte gfp oraz pomarańcz gfp wprowadzamy do kom (oddzielne kolory nie doszło do oddział. zmiana koloru-doszlo)
Zalety białka GFP
rozpocznij naukę
Białko to jako gen reporterowy ma wiele zalet oprócz niewielkich rozmiarów i braku toksyczności możliwe jest jego stosow w zróżnicowanych ewolucyjnie org w tym u bakterii, roślin i ssaków. jest markerem który nie potrzebuje dodatkow substratów aby wykryc
jego ekspresję, możemy go stosow nawet w ekstremalnych war, jest odporny na fotowybielanie pod wpływem promieni UV, jedynym ograniczeniem jest dostęp tlenu, w war beztlenowych nie obserwuje się fluorescencji, aby doszło do ufaldowania chromoforu potrz O2
Opisz wektory z gfp
rozpocznij naukę
Elementy konstruktu: gen gfp, promotor i analizowane białko. Dostępne są wektory które zawierają już sekwencje GFP i odpowiedni promotor do którego wprowadzamy sekwencje kodująca nasze białko za pomocą enzymów bądź techniki Golden Gate Cloning
Możemy również te wektory wykorzystać do nadekspresji trwałej poprzez zastosowanie agrobacterium, wektory te zawierają sekwencje graniczna - prawa i lewa a co to jest miedzi nimi wbudowuje się do genomu gospodarza
Opisz technikę Golden Gate Cloning
rozpocznij naukę
Technika ta polega na pobieraniu Insertu z plazmidu dawcy do siebie poprzez homologiczna rekombinację - nie trzeba wtedy enzymów restrykcyjnych
Opisz Promotor do wektora z GFP
rozpocznij naukę
jest to bardzo ważny element gdyż mamy doczynienia z ekspresja przejściowa, może on być również wykorzystywany do ekspresji trwałej. Mamy doxzyeninia z promotorem 35srRNA powtórzonym dwukrotnie. Jest to bardzo silny promotor aktywowany jest tylko u roślin
nie może być wykorzystany u zwierząt gdyż musi być on dobrze rozpoznany przez komórkę gospodarza
Opisz białka hybrydowe z gfp
rozpocznij naukę
białka te posiadają takie elementy jak promotor, gen gfp oraz nasze białko. Mamy dwie możliwości 1. promotor-nasze bialko-gfp za sekwen. kodująca analizowane białko wprowadzana jest sekwen kodująca GFP białko dołącz jest do aminowego końca należy usunąć
kodon stop z sekwen kodującej nasze białko 2. promotor-gfp-nasze białko a więc białko dołączane jest do karboksylowego końca a Kodon stop usuwamy z gfp wersję ta stosujemy celem transferu do jądra
Opisz pierwsze badania dotyczące oddziaływań między białkami
rozpocznij naukę
Wykorzystano tutaj białko GFP które podzielono na dwie części, do każdej z części dołączona domeny leucynowego zippera poprzez linker, który miał spowodować że białka gfp zbliża się do siebie i sprawdzić czy jest możliwe odtworzenie funkcjonalnego bialka
badanie się udało, powstało funkcjonalne białko, doszło do powstania świecącego białka gfp
Wykorzystanie GFP do oddziaływań między białkami
rozpocznij naukę
stosujemy gfp w celu zbadania czy w warunkach stresowych białka będą ze sobą oddziaływać, wykonujemy dwie konstrukcje 1. cDNA kodujący aminową część białka połączony z cDNA kodujący jedno białko 2. cDNA kodujący karboksylowa część białka -// drugie bialko
konstr. te wprowadz. do kom dochodzi do transkrypcji i translacji na sposób ekspresji przejściowej, funkcjonowanie jest niezależne od genomu, uzyskujemy białka które albo się do siebie zbliża albo nie a więc pełna funkcje leucynowego zippera
Opisz test alfa komplementacji
rozpocznij naukę
Zdolność białek do osobnego fałdowania się i tworzenia funkcjonalnego bialka jest wykorzyst. przy teście alfa komplementacji, gdzie wykorzyst. beta galaktozydaze, białko w komórkach e coli kodowane jest przez 1 gen, na potrzeby inz genet zastosowano modyf
usunięto sekwencje kodująca aminokwasy od 11-41 i wprowadzono ja do wektora plazmid wykorzyst. do klonowania. Działanie testu: mamy białko omega - w wektorze i białko alfa w plazmidzie w momencie gdy doszło do transformacji wektora obie są w wektorze zdj
Jak wybrać układ do nadekspresji?
rozpocznij naukę
wybierając układ należy się zastanowić czy biało wymaga modyfikacji, które nie są możliwe u bakterii - czyli czy wymaga N-glikozylacji. Należy również zastanowić się jaki będzie cel produkcji białka, bo jeśli ma być wykorzyst do celów medycznych lepiej
pracować na drożdżach, jeśli chcemy wytworzyć enzym wykorzyst w lab to lepiej pracować z E. coli jest to najtańsza najprostsza najszybsza izolacja problem zrobi się dopiero gdy enzym znajdzie się we frakcji nierozpusz gdyż trzeba zast izolacje w war dena
Do czego stosujemy nadekspresje trwała?
rozpocznij naukę
Stosujemy do: produkcji białek rekombinowanych, analizy aktywności i właściwości białek oraz do badań ich struktury, analizy mutantów, poprawy właściwości danego organizmu - u organizmów wyższych
Opisz kontrolę ekspresji polimerazy T7
rozpocznij naukę
ekspresja polimeraza T7 jest przeprowadzana przez polimerazę RNA E. coli, pod ścisłą kontrolą operonu laktozowego. Ekspresja polimerazy bakteriofaga T7 jest pod ścisłą kontrolą z uwagi na to, że nie chcemy zbyt szybko uzyskać produkcję białka, z uwagi na
jego możliwości toksyczne dla komórki. Najpierw chcemy uzyskać odpowiednią duża ilość biomasy, dopiero wtedy zostanie włączana ekspresja polimerazy i dopiero wtedy zajdzie transkrypcja genu naszego konstruktu
Opisz operon laktozowy
rozpocznij naukę
jest to fragm nici DNA odpowiadający za wspólną transkryp genów biorących udział w metabolizmie laktozy - lacZ (koduje beta-galaktozydaze rozkładając laktozę do glukozy) lacY (koduje permeaze laktozowa umożliwiający wejście laktozy do wnętrza komórki)
lacA (koduje transacetylaze) ekspresja tych genów jest hamowana przez represor, znajduje się on poza Operonem, dołącza się do operatora uniemożliwiając przejście polimerazy RNA do promotora, związane jest to z nakładaniem się dwóch nukleotydów ma siebie
Podaj dwa cele lizozymu stosowanego w nadekspresji
rozpocznij naukę
1. jest naturalnym inhibitorem bakteriofaga T7 2. dezintegracja ściany komórkowej podczas izolacji
regulacja ekspresji białek w systemie do nadekspresji w komórkach E. coli
rozpocznij naukę
Genom E. coli zawiera gen lac1 kodujący represor lac. Represor lac wiąże się z operatorem lacO blokując transkrypc. genu T7 RNA polimerazy pod kontrolą promotora i w nieobecności IPTG. W obecności IPTG represor lac jest inaktywowang, co pozwala na transkr
genu T7 Gene 1 i produkcję T7 RNA polimerazy. Plazmid pet zawiera gen docelowy pod kontrolą promotora T7. Promotor T7 jest specyficzny dla T7 RNA polimerazy. Plazmid zawiera również gen lac1 kodujący represor lac, aby zapewnić dodatkową kontrolę ekspresji
Cechy E. coli wykorzystywanych do nadekspresji
rozpocznij naukę
1 mają wklonowany gen dla polimerazy RNA bakteriofaga T7 pod ścisłą kontrolą promotora lacUV5 rozpoznawanego przez polimerazę bakter 2 mogą posiadać dodatkowy plazmid kodujący gen dla lizozymu 3 pozbawione są dwóch podstawow proteaz: cytoplazm lon i
powiązanej z bł kom ompt 4 do produk białek posiadających mostki disiarczkowe mamy specjalne szczepy posiadające zmutowany gen trx i gar kodujący reduktazy tioredoksynowa i glutationowa 4 mogą zawier dodatk plazmid kodujący geny tRNA dla kod rzadko wystep
Izolacja ciał inkluzyjnych
rozpocznij naukę
ciała inkluzyjne są to skupiska źle ufałdowanych białek których regiony hydrofobowe są odkryte przez co białko się klei. Do izolacji ich niezbędne są warunki denaturujace. Związki chaeotropowe takie jak 8 molowy mocznik i 6 molowy chlorowodorek guanidyny
które rozkładają białko do formy liniowej z której możliwa jest późniejszą renaturacja przy zapewnieniu odpowiednich warunków. W warunkach denaturujacych nie wszystkie domeny mogą być używane gdyż nie które potrzebują natywnej str białka która jest niszcz
Opisz elementu wektorów stosowanych do nadekspresji
rozpocznij naukę
sekwencja Ori czyli miejsce początku replikacji rozpoznawane przez aparat replikacyjny gospodarza, gen warunkujący oporność na antybiotyk - gen selekcyjny który umożliwia rozróżnienie kom stransform od nie, miejsce do klonowania polilinker, umożliwia
wprowadz sekwencji cDNA w odpowiedniej ramce odczytu, sekwencje regulująca translacje wraz z promotorem rozpoznaw przez odpowiednią polimerazę RNA - przy wektorze PED jest to polimeraza RNA bakteriofaga T7, sekwen regul transalcje oraz sekw kodująca domen
Jak wybrać dobrze enzym restrykcyjny?
rozpocznij naukę
Przy wyborze enzymu restr ważna jest bliskość sekwencji rozpoznawanej przez enzym tak aby sekwencje rozpoznawane nie nakładały się między sobą aby po przecięciu jednym enzymem nie doszlo do utraty miejsca rozpoznawanego przez drugi enzym, gdyż doszło by
wtedy to utraty możliwości klonowania w sposób ukierunkowany naszego Insertu. Należy również dowiedzieć się który enzym jest mniej wrażliwy na dł fragm DNA który ma rozpoznać aby przeprowadzić hydrolizę, oraz stosując dwa enzymy najpierw bierzemy ten co
Opisz proces wybierania starterów
rozpocznij naukę
startery muszą zawierać miejsca rozpoznawane przez wybrany przez nas wcześniej enzym restrykcyjny jako że po uzyskaniu cDNA należy wprowadzić go do wektora wybranego wcześniej, przy wyborze startera istotne jest to aby pamiętać żeby rozpoczynał się troche
przed ATG, gdyż wykonując starter będziemy wprowadzać zmiany w sekwencji na sekwencje pasująca do naszego enzymu restr. stąd aby umożliwić w pierwszych cyklach reakcje PCR niezbędne jest wykonanie startera jak wyżej tak aby były rejony komplementarne umoz
Opisz co zawiera domena na karboksylowym końcu
rozpocznij naukę
1. bioinformatyczna analize enzymów restryk cDNA 2. analizę możliwości hydrolizy enzymami restrykcyjnymi 3. zachowanie ramki odczytu w stosunku do domeny 4. usunięcie kodonu stop z ramki odczytu 5. mutacje pewnych reszt aminokwasowych
4. planując starter reverse należy usunąć kodon stop, nie może on być gdyż jeśli zostanie dojdzie do zatrzymania translacji i nie powstanie nasza domena
Opisz proces budowania konstruktu do nadekspresji
rozpocznij naukę
jak już zamplifikujemy cDNA kodujący nasze białko, to zanim zbudujemy konstrukt i wykonamy próbę nadekspresji to cDNA należy wklonowac do zwykłego wektora gł z uwagi na możliwość sprawdzenia prawidłowości konstruktu jak i łatwość hydrolizy i klonowania
łatwość hydr i klon- takie wprowadzone cDNA do klasycznego wektora umożliwia hydrolizę gdyż nie musimy hydrolizowac na fragmencie i używać enzymów restr wybranych wcześniej, łatwiej jest przeklonowac sprawdzona sekwen z czast wyizolowanej namnozonej
Co to jest biblioteka cDNA oraz biblioteka genomowa
rozpocznij naukę
Biblioteka cDNA to zbior fagów/wektorów który posiada cały zestaw transkryptomow a więc zbiór sekwencji kodujących dany org w danym momencie. Uzyskujemy je dzięki zabiegowi który polega na tym że po procesie izolacji RNA dochodzi do syntezy 1 nici potem 2
i całe cząsteczki cDNA wprowadzamy do wektora fagowego i infekujemy nimi kom bakteryjne E. coli, mamy tylko eksony. Biblioteka genomowa to zbiór fragmentów genomowego DNA zawiera eksony jak i introny czyli sekw kodujące i nie kodujące
Opisz elementy konstrukcji biblioteki cDNA
rozpocznij naukę
1. Całkowity komórkowy RNA 2. frakcjonowanie całkowitego RNA na złożach z oligo(dt)-celuloza w celu uzyskania mRNA 3. synteza 1 nici cDNA 4. synteza 2 nici cDNA 5. ligacja z adapterem 6. hydroliza endonukleaza Xhol 7. ligacja z wektorem lambdaZAP,
pakowanie w otoczki białkowe
Infekcja bakteriami E. coli - opisz
rozpocznij naukę
wysiewamy bakt na szalki z bakter wysiewamy fagi, taka wysiana biblioteka będzie zawierała 2 rejony. Mleczny (czyli bakterie które wyrosły i nie zostały zainfekowane fagami) oraz rejon jaśniejszy czyli łysinki są to miejsca gdzie rosły bakt zainfek fagami
ale w trakcie wzrostu po indukcji bakteriofag doprowadził do lizy kom bakteryjnych, co doprowadziło do usunięcia ściany kom, co ułatwiło proces hybrydyzacji - w lysinkach pozostał bakteriofag przeprowadzamy jedynie denaturację celem rozpadu otoczki białko
Opisz proces hybrydyzacji bakterii e. coli
rozpocznij naukę
jest to selekcja biblioteki, proces ten przeprowadzamy wielokrotnie w celu identyfikacji i interesującego nas DNA 1. przełożenie na membranę - do szalki po wzroście kom i lizie przekładamy nylonowa membranę która wiąże DNA, robimy nakłucia i markerem zazn
jest to ważne gdyż w miejscu nakłuć pozostaje lejek gdzie po procesie hybryd radioaktywna sonda utknie, dzięki zaznaczeniu markerem wiemy która łysinkę zabrać 2. neutralizacja po przeniesieniu DNA na membranę odwracamy ja układamy na stos bibuły z roztwor
Oczyszczanie w warunkach natywnych opisz
rozpocznij naukę
kiedy uzyskamy białko w frakcji rozpuszczalnej to stosujemy oczyszcz w war natyw, uzyskujemy białko które posiada natywna str i akt można je więc od razu stosować do analizy. Technika ta nie jest jednak przydatna gdy mamy białko w frakcji nierozpuszczalne
czyli gdy białko po wirowaniu będzie w frakcji osadu dodatkowym problemem jest fakt iż musimy wprowadzić lizozym w celu rozbicia komórki oraz nukleaze w celu usunięcia kw nukleinowych zwiększających lepkość oraz mamy ryzyko wyst niespecyficznych oddziaływ
Opisz oczyszczanie w warunkach denaturujacych
rozpocznij naukę
uzyskujemy białka zdenaturowane pozbawione swojej natywnej str i akt. Jest to dobra technika gdyż mamy białka w frakcji nierozpusz, czyli mamy tzw ciałka i inkluzyjne które powstają poprzez nie prawidłowe ufaldowania bialka przez co refiony hydrofobowe sa
odkryte a białka zlepiają się mogą one powstać gdy produkujemy białko obce dla komórek e. coli komórki te nie zawierają białek opiekuńczych które pomagają w procesie fałdowania oraz gdy zastosujemy plazmid kodujący tRNA dla rzadko występujących kodonów
opisz cechy Agarozy Ni-NTA
rozpocznij naukę
są to złoża które zawierają rdzeń przyciągany przez magnez, przeważnie jest to żelazo rdzeń ten oplaszczony jest Agaroza na powierzchni której są imobilizowane jony niklu przez kwas NTA jony te mają dwa wolne wiązania przez co mogą oddział z pierścieniem
imidazolowym histydyny co ułatwia łącz z domena histydynowa białka a więc Agaroza będzie wykorzyst przy oczyszczaniu białek z domena histydynowa. Aby wydobyć białka ze złoża przemywamy imidazolem bądź histydyna lub zmniejszamy pH, złoża stos na małą skalę
Opisz oczyszczanie na kolumnach
rozpocznij naukę
jest na większą skalę, mamy lepsza widoczność, widzimy wszystko co się dzieje dodatkowo możemy te złoża wykorz wielokrotnie do tego samego białka po przepłukaniu. Wykonuje się je po hodowli, po związaniu ze złożem, wprowadzamy do kolumienki całą zawartosc
i poddajemy przepłuk mamy 3 etapy złoża na początku maja kolor zielony jest to związane z tym że do złoża mechanicznie związane są śmieci bakt, to co przepłynie to frakcja niezwiązanych białek, i na końcu mamy złoże koloru niebieskiego przez jony niklu
Oczyszczanie białka z domena
rozpocznij naukę
na początku po oczyszczaniu stosuje się proteaze w celu usunięcia domeny związanej z złożem. Ważne jest aby najpierw usunąć proteaze i domenę z mieszaniny białka domeny i proteazy. Potem jeśli ponownie zastosujemy złoże z domena to domena się zwiąże a
białko wraz z proteaza przepłyną dlatego ważne jest aby stosować proteazy działające na złoże do których przyłączona jest domena. Ostatecznie najpierw mieszamy białko przepuszczamy przez złoże, proteaza zwiaze się ze złożem -> przechodzi przez specjalne
Opisz domenę His Tag
rozpocznij naukę
zbudowana jest z 6 reszt histydyny, oddziałuje z jonami niklu obecnymi na złożu białka, wymywamy białko za pomocą imidazolu bądź obniżając pH. Jej temperatura indukcji to 20-37C a masa to 1kda. Ma wiele zalet ma niewielkie rozmiary przez co nie wpływa
negatywnie na rozpuszczalność białka, izolacja białka może być zarówno w war natywnych jak i denaturujacych, może być usytuowana zarówno na karboksylowym końcu jak i aminowym
Opisz domenę GST-TAG
rozpocznij naukę
domena GST-TAG to domena oddziałująca z glutationem, oddziałuje ona z glutationem w formie zredukowanej na złożu za pośrednictwem wiązania siarkowego, wymywanie 10-50mM glutationem w formie zredukowanej, jej masa to 26kda a temp indukcji 28C jest bardzo
wydajna 1ml złoża wiąże 5-10mg białka, izolacja zachodzi tylko w warunkach natywnych i białko może być przyłączane do aminowego jak i karboksylowego końca z preferencja karboksylowego
Opisz domenę Mal-tag
rozpocznij naukę
to domena stanowiąca białko oddziałujące z maltoza oczyszczan zachodzi na złożu z unieruchomienia amylaza, wymywanie zachodzi tu maltoza, jej masa to 42kDa, stosowana do oczyszczania w warunkach natywnych zwiększa prawdopodobieństwo znalezienie się
białka w frakcji rozpuszczalnej
Opisz domenę CBP
rozpocznij naukę
to domena oddziałująca z kalmodulina, pochodzi z karboksylowego końca kinazy która ściśle oddziałuje z kalmodulina w obecności jonów wapnia, stąd oddziałuje że złożem że związana kalmodulina wymywanie zachodzi przez EGTA który chelatuje jony wapnia
zmniejszając oddziaływanie kalmoduliny z CBP, stosowana jest do oczyszczania w warunkach natywnych pozwala na wysoko specyficzne wiązania ma długość 26 aminokwasów i temperaturę indukcji 28C
Opisz domenę Flag
rozpocznij naukę
zbudowana jest z 8 reszt aminokwasowych o charakterze hydrofilowym, sekwencje mogą być powtarzane, oczyszczanie zachodzi tu na zasadzie oddziaływania z przeciwciałem typu M, wymywanie poprzez EDTA lub obniżając temperature, stosowania do oczyszczania w
warunkach natywnych, może być przyłączana zarówno do karboksylowego jak i aminowego końca - odłącza się naturalnie przez enetrokinaze
opisz Domenę ARG tag
rozpocznij naukę
zbudowana jest z 6 arginin, białko oczyszcza się na złożu typu sp Sephadex na zasadzie wymiany kationowej i następnie odplukujemy gradientem stężenia NaCl w warunkach zasadowych. pozwala na oczyszczanie w war natywnych jak i denat przyłączana jest tylko
do karboksylowego końca - może powodować zmiany konformacji białka, stosujemy ja do badań oddziaływań zrekombinowanych białek
Opisz Domenę TRX
rozpocznij naukę
jest to domena która pozwala na uzyskanie aktywnego biologicznie białka które w swej trzeciorzędowej strukturze zawiera mostki disiarczkowe ponieważ tioredoksynaza może kanalizować utworzenie mostków dwusiarczkowych w cytoplazmie ma masę 11kDa
zwiększa prawdopodobieństwo że zrekombinowane białko znajdzie się we frakcji rozpuszczalnej jednakże oczyszczanie zachodzi tylko w warunkach natywnych przy pomocy dodatkowych domen GST lub his tag

Musisz się zalogować, by móc napisać komentarz.